作为水处理构筑物的化粪池，由于设计、施工、使用、管理等方面存在诸多问题，致使化粪池出水各项指标均远远超过国家规定的排放标准。其中存在如下几个问题：
1.化粪池施工达不到设计要求，导致处理效果差。有的化粪池严重渗漏，污染地下水。并且砖砌池易被酸性腐蚀，造成裂缝、堵塞等，病毒、病菌、有机物不能完全发酵分解，臭气外溢传播疾病，玻璃钢化粪池污水未经净化污染水源，危害人们健康等一系列环境问题。
2.滤池中油污和脂肪堆积。大量的油污和脂肪进入系统，堆积无法处理，堵塞系统，造成污水外溢等问题，既污染环境又危害人们身体健康。
3.设施分散，日常管理不到位。致使化粪池长期无人清淘，污泥结在池底，化粪池有效容积日趋减小，变为只过流并不沉淀杂质的检查井，失去其处理作用。同时由化粪池引发的事故不断，例如池内气体喷出灼伤人体、吸粪时发生爆炸；工人下池清渣时窒息死亡等。
4.经化粪池处理的污水进入集中污水处理厂，致使二级生化处理中的微生物营养成分的不足，抑制生化细茵的繁殖，降低处理效果。
5.施工复杂，造价并不低，施工周期长，维修难度大，使用年限短等